O Programa de Pós-Graduação em Geoquímica e Geotectônica da Universidade de São Paulo é um dos mais importantes centros de geração de conhecimento e formação de pesquisadores no âmbito das Geociências no Brasil. O Programa tem como principal característica o envolvimento de mestrandos e doutorandos em projetos de pesquisa inovadores e que resultam em produção de grande impacto, com consequente formação de lideranças acadêmicas inseridas no panorama científico internacional. Essa característica decorre da atuação de um quadro de orientadores permanentes notoriamente qualificado (21 bolsistas de produtividade CNPq, sendo 12 de nível 1), sete membros da Academia Brasileira de Ciências, quatro membros da Academia Paulista de Ciências e um membro da Academia Francesa de Ciências), captação expressiva de recursos para a pesquisa e moderno e diversificado conjunto de laboratórios. Outra característica marcante do Programa é sua grande inserção internacional, caracterizada por grande proporção de alunos estrangeiros (média de 19.4% no triênio 2010-2012), 36 convênios e projetos de cooperação com instituições estrangeiras, frequente intercâmbio de alunos e pesquisadores e expressiva colaboração do corpo de docentes na organização de eventos e edição de periódicos internacionais.
O Programa tem como principais objetivos a formação de recursos humanos e a geração e propagação de conhecimento técnico-científico em Geociências, com foco na formação de lideranças acadêmicas e técnicas com sólida base conceitual e visão ampla das questões científicas e suas aplicações. O curso de Mestrado visa fornecer aos estudantes uma formação metodológica e teórica atualizada, além de experiência no desenvolvimento de todas as etapas de um projeto de pesquisa, utilizando-se da infraestrutura disponível no Instituto de Geociências da USP. O curso de Doutorado visa formar pesquisadores com experiência no desenvolvimento de projetos inovadores, com abordagem original e inserida no esforço internacional para o avanço do conhecimento científico. Os projetos desenvolvidos no Programa apresentam ênfase em temas relacionados à Geotectônica, Geologia Isotópica, Geologia Estrutural, Geologia Sedimentar, Geoquímica de Rochas, Geoquímica de Superfície e Geoquímica Ambiental, estimulando a integração destas com outras áreas do conhecimento geológico.
O Programa possui duas áreas de concentração: Geotectônica e Geoquímica de Processos Exógenos. A área de concentração Geotectônica abriga estudos sobre a dinâmica interna e externa da Terra em várias escalas, contando com três linhas de pesquisa: Geologia Estrutural e Tectonofísica, Evolução Crustal e Evolução de Bacias.
A área de concentração Geoquímica de Processos Exógenos conta com quatro linhas de pesquisa: Pedogênese Tropical, Geoquímica de Elementos de Interesse Ambiental e Metalogenético, Geoquímica Isotópica Aplicada a Estudos ambientais e Sistemas Cársticos.
Os projetos científicos desenvolvidos nas duas áreas de concentração são frequentemente multidisciplinares e sua realização é auxiliada pela possibilidade de utilização de técnicas analíticas modernas, disponíveis no parque de equipamentos e laboratórios do Instituto de Geociências da USP, as quais incluem: Anisotropia de Susceptibilidade e Remanência Magnéticas, Análise Estrutural por EBSD (Electron Backscattering Difraction), Análise Estrutural por Restituição Fotogramétrica Digital, Análise de Imagem (por microscopia óptica e eletrônica), Espectrometria Gama e Luminescência, além de amplo conjunto de laboratórios de Geologia Isotópica e Geocronologia, abrangendo os métodos K-Ar, Rb-Sr, Sm-Nd, Pb-Pb, isótopos estáveis e U-Pb (TIMS, LA-ICP-MS e SHRIMP).